泰昌元年九月，朱常洛登基仅一月便在红丸案中离奇驾崩。此时皇长子朱由校尚且年幼，泰昌帝的宠妃李选侍趁机占据乾清宫，想要挟持新君把持朝政。围绕着李选侍是否搬出乾清宫，朝堂大臣与后宫势力激烈对峙，这便是明末三大案的最后一案——移宫案。它看似是后宫居所之争，实则是权力争夺，进一步撕裂朝堂，为天启朝阉党崛起埋下伏笔。

李选侍深受朱常洛宠爱，一直抚养朱由校。朱常洛在世时，曾流露过想要册封李选侍为皇后的想法，但还没来得及下旨就骤然离世。乾清宫是皇帝的正宫，按照规制，皇帝驾崩后，非先帝皇后的妃嫔不能继续留居此处。李选侍却不愿离开，她以照顾朱由校为由，牢牢守在乾清宫内，还要求大臣所有奏章先交给她过目，再转交朱由校，意图控制朝政。
消息传出，以东林党杨涟、左光斗为首的大臣强烈反对。他们认为，李选侍既不是皇后，也不是新皇帝的生母，没有资格居乾清宫，更不能把持奏章、挟持天子。一旦此事成为定例，很容易出现女主垂帘听政的局面，破坏大明的祖制。杨涟接连上疏，言辞恳切，坚决要求李选侍移出乾清宫。
李选侍不肯退让，还派人阻拦大臣与朱由校见面。为了不让李选侍挟持幼主，杨涟、左光斗、刘一燝等大臣果断行动，闯入乾清宫，找到朱由校，将他护送出宫，安排到文华殿，准备择日登基。李选侍派人追赶，想要抢回朱由校，却被大臣阻拦。
一边是群臣催促移宫，一边是李选侍拖延观望，双方僵持不下。李选侍提出条件，要先封自己为皇太后，才肯搬走。大臣们断然拒绝，不断施压，甚至放出消息，如果继续拒不搬离，朝臣将联合起来拒绝承认新朝秩序。与此同时，宫中的太监也分成两派，有人支持李选侍，有人站在朝臣一边，宫内局势十分混乱。

重压之下，李选侍自知无力对抗满朝文官，只能被迫离开乾清宫，迁居哕鸾宫。几天之后，哕鸾宫突发火灾，流言四起，有人传言李选侍母女遇难，还有人说是大臣逼迫太过，酿成惨剧。杨涟等人立刻上书辩解，同时查明李选侍母女平安，这场风波才暂时平息。朱由校顺利登基，也就是天启皇帝。
事情到此看似结束，但移宫案很快就沦为党争的工具。在这场事件里，杨涟、左光斗等东林大臣因为护驾有功，声望达到顶峰，在朝堂掌握话语权。对立派系对此十分忌惮，不断散布言论，指责东林大臣逼迫先帝妃嫔，不近人情、惊扰皇家。
等到天启中后期，魏忠贤阉党势力壮大。魏忠贤想要铲除东林党，便重新翻出三大案，编纂《三朝要典》，重新定性移宫案。书中颠倒黑白，指责杨涟、左光斗等人胁迫李选侍，犯下大罪。借着这个罪名，魏忠贤大肆罗织罪状，迫害东林骨干，杨涟、左光斗先后下狱惨死。崇祯皇帝即位，清算魏忠贤阉党之后，又推翻《三朝要典》的定论，为东林众人平反。一件简单的移宫争议，结论反复反转，完全依附派系斗争的胜负。
客观来看，大臣们坚持移宫，出发点是防止后宫干政，维护明朝的政治传统。但整件事的处理方式也有过激之处，君臣、后宫之间缺少缓和空间。更关键的是，事件之后，朝堂上已经很难理性讨论事情对错，所有事件都会被贴上派系标签。梃击、红丸、移宫三大案环环相扣，持续放大矛盾。
接连三场大案耗尽朝堂元气。官员们把大量精力放在互相攻讦，辽东边防、民生疾苦、财政危机这些紧要事务被长期搁置。天启皇帝年少贪玩，后来信任魏忠贤，朝堂局势迅速滑向黑暗。
移宫案落下帷幕，三大案全部完结。它们都起源于万历时期的国本之争，从皇室内部矛盾，一步步演变成席卷整个官僚集团的持久内耗。明朝的政治根基，就在这一次次纷争里不断松动。

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