正当魏忠贤权力达到顶峰、袁崇焕命运陷于低谷的时候，朝廷发生了重大的政治变局：天启帝病故，崇祯帝继位。这个重大朝廷变局，不仅给魏忠贤的命运带来灭顶之灾，而且给袁崇焕的事业带来新的转机。
天启帝朱由校16岁即位，在位七年期间沉迷木艺疏于朝政，致阉党专权。
天启七年（1627年），23岁的朱由校突然病逝于乾清宫。天启帝朱由校的猝死，不仅引发明朝权力核心剧变，更使后金（清）获得战略扩张契机。关于其早逝原因，史料记载存在两种截然不同的解释线索。
关于天启帝早逝，《明史》归因于落水惊悸，《三垣笔记》则指其迷恋木工活儿，纵欲怠政，二者均指向帝王失能导致的权力失控。
依据明代皇位继承制度，皇位传承遵循“父死子继”原则。天启帝三子均早夭：皇长子朱慈然（早产夭折）；皇次子朱慈焴（慧妃范氏所生，出生十日即夭折）；皇三子朱慈炅（容妃任氏所生，其母因此晋封皇贵妃）。天启一脉至此断绝。
由于天启帝绝嗣，依据《皇明祖训》继承法，皇位按“兄终弟及”原则由其异母弟朱由检（崇祯帝）继承。
明光宗朱常洛七子中有五人未满八岁夭折，仅皇长子朱由校（天启帝）与皇五子朱由检（崇祯帝）成年。因天启帝无嗣，按宗法制由唯一存世异母弟朱由检继位，此系明代首次严格践行“兄终弟及”继承原则。
崇祯帝朱由检系明光宗第五子，其生母刘氏初为太子宫淑女（品级低于才人、选侍）。万历四十二年（1614年），刘氏诞育朱由检后失宠病逝，终年23岁。太子朱常洛为隐瞒万历帝，密令将其葬于西山，时年朱由检5岁。万历四十四年（1616年），6岁的朱由检亲历努尔哈赤在辽东建立后金政权。
天启二年（1622年），朱由检12岁受封信王，居皇宫勖勤宫，其生母刘氏追封贤妃。同年明军广宁之战溃败，辽东防线失守。
天启六年（1626年），袁崇焕指挥宁远大捷阻击后金；同年朱由检16岁迁居信王府。天启七年（1627年），朱由检17岁成婚，这年，病危的天启帝召朱由检至乾清宫，正式确立其为皇位继承人，并要求其继位后保障张皇后地位、保留魏忠贤职权。
魏忠贤在天启帝临终前试图延续专权，因担忧信王继位后失去控制权，其集团多次策划阻挠。据《明季北略》等野史记载，魏忠贤曾提出摄政、伪造皇子、策动兵变等方案，均因现实阻力未能实施。
其一，魏忠贤企图摄政。就是想立一个傀儡小皇帝，他自己来摄政。
其二，阉党中有人向魏忠贤献计，诡称皇后怀孕，暗中以魏良卿之子抱入，企图“狸猫换太子”，然后由魏忠贤辅佐，仿效王莽以辅佐孺子婴的方式进而篡位。
其三，魏忠贤曾向天启帝建议，若后宫妃嫔产下皇子则过继至中宫继承皇位，此议遭张皇后明确反对。
《明季北略》载，天启帝去世后，魏忠贤借乾清宫停灵之机，召兵部尚书崔呈秀密谋兵变。崔呈秀以时机不成熟为由反对，计划搁置。此事件未见于《明实录》等正史记载。
天启帝临终之际，张皇后力主信王朱由检继位。史料记载，魏忠贤曾通过密使游说张皇后阻挠继位，但遭严词拒绝。张皇后随后推动天启帝正式确立朱由检为继承人，此举直接瓦解了魏忠贤的摄政计划。
朱由校临终召见信王朱由检传位，信王初表推辞。张皇后以“国不可日无君，迟则生变”力劝，朱由检遂奉诏继位。持续五日的皇位继承危机至此终结。
天启帝朱由校去世后，魏忠贤被迫发布皇后懿旨，宣布由信王朱由检继承皇位。朱由检遂以崇祯为年号即位，成为明朝第十六任皇帝（即末代君主）。
那么，崇祯皇帝朱由检是个什么样的人呢？
崇祯皇帝经历过磨难，他的童年有三大变故：
第一，生母早逝。生母贤妃刘氏在朱由检5岁的时候就去世了，所以他对母亲几乎没有什么印象。
第二，西李薄情相待。泰昌帝朱常洛登极之后，宠爱两个姓李的选侍，为区分，人称“东李”“西李”。小由检丧母之后，就由西李选侍抚育。当时，西李选侍已经抚养朱由校，又被指定抚养朱由检。她自然明白由校是皇长子，将来可能继承皇位，对待他们兄弟，因此亲疏有别。
所以，小由检不仅遭受丧母之痛，而且遭遇养母薄情。若皇子生母地位低微或无宠，通常由皇后或高阶妃嫔抚养，如朱由检因生母刘淑女失宠，转由李选侍抚养。
第三，泰昌元年（1620年），东李选侍病逝前对朱由检多有照拂，使其暂得温情。然其早逝（时朱由检仅十岁），再度重创幼帝心境。
频繁的抚养关系变动与至亲早逝，导致崇祯帝形成多疑、戒备的性格特征。崇祯帝虽然年龄不大，但他却经历三次朝廷重大变故。所以，他要振奋精神，整顿朝纲，实现大明皇朝中兴之梦。于是，他即位后的首要任务，便是扭转天启朝积弊，其举措可从内廷外朝三方面观之。
崇祯帝即位后，为挽救明王朝颓势，在中心与地方层面推行了三大核心政策：整顿吏治、重组军事、调整财税体系。
第一，崇祯帝继位后，在完成天启帝治丧事宜后立即着手整顿官僚系统。首要举措为全面清算阉党势力：魏忠贤在逃亡直隶阜城期间接到逮捕指令，后自缢身亡（死因存疑），时年60岁；徐应元因涉案被革职流放，客氏随后被处以死刑。
崇祯二年（1629年），崇祯帝颁诏书，示天下，首逆凌迟者二人：魏忠贤、客氏。
第二，重组军事。清除阉党余孽，换成一批新人。曾经甚嚣尘上的阉党就这样遭到致命打击，明朝出现了一个短暂的东林党执政时期，朝野为之一振。
第三，调整财税体系。崇祯元年（1628年），崇祯帝擢升袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，总督蓟州、辽东、登州、莱州、天津军务，驻地设于山海关，同时解除原蓟辽督师王之臣职务。崇祯帝在平台召见袁崇焕，商讨辽东防御战略部署。
因党争牵连，袁崇焕此前已辞官归粤。此次召对中，袁崇焕提出“五年复辽”方略，崇祯帝寄予厚望。然此承诺脱离实际，加之君臣互信脆弱，最终反成袁崇焕被诛的导火索。
崇祯帝果断清除阉党势力，重新启用袁崇焕经略辽东，试图通过“五年复辽”战略扭转危局。但君主集权体制下的决策失衡、前线将领掣肘以及系统性财政危机相互叠加，致使军事改革难以推进。中枢与边将的信任裂痕、后金持续军事压力与内部流民作乱形成复合困境，最终导致明朝军事防御体系崩塌，王朝重构计划以失败告终。