过去一年，AI 对生信行业的影响用一句话概括： 以前是会代码的人做生信，现在是不写代码的人也能跑全流程。
而随着 GPT-5-Codex、Gemini 3、Claude Sonnet 4.5 三大旗舰模型相继发布，我们也率先在服务器上完成了全部部署，让用户可以体验到真正意义上的——零代码做生信。
那么问题来了： 这三款工具到底谁最强？谁最适合新手？谁最懂生信？
下面，我们从真实用户场景出发，贴近科研、贴近服务器、贴近数据分析场景的深度对比。
三大模型能力一览：它们到底能帮生信做什么？在数信云服务器上，这三款模型都被配置为生信工作台模式（Bioinformatics Workspace）
Claude Sonnet 4.5 实操打开终端进入待分析的目录，输入claude命令
我们做一个bulk rna-seq分析的案例，可以直接打中文，说出你的需求。比如这里：我当前目录下00.rawdata是bulk rna-seq测数的原始数据，ref/里面包含基因组注释文件genome.fa、genes.gtf。现在我想用fastp做质控和过滤，用hisat2做比对，用featurecounts做定量。（大家还可以制定详细的参数，直接复制文章里面的参数也可以）
我们选择snakemake的方式编写脚本
模型自动开始编写脚本
中途会提示我们是否保存脚本，可以大致看一下，没问题直接选择1直接保存当前脚本
全部完全后，当前目前下就多了对应的分析目录和snakemake脚本
直接snakemake --cores 16即可
ctrl z可退出claude模式
运行之前需要自行安装好用到的软件（不懂代码的同学可以继续让claude生成软件安装的代码）
当然啦！我们数信院服务器已经搭建好了各个组学分析的环境。省去软件安装的麻烦！
GPT-5-Codex 实操同样我们在待分析的目录下输入codex，即可进入大模型
Codex 会基于当前工作目录的状态给出的权限选择提示，核心背景是该文件夹未纳入版本控制系统（如 Git）管理——版本控制能追踪修改、回滚错误操作，无版本控制时误编辑/误执行命令的风险更高，因此 Codex 给出了两种操作权限选项：
Allow Codex to work in this folder without asking for approval允许 Codex 在该文件夹内直接执行编辑文件、运行命令等操作，无需每次都征求你的确认。优点是操作更顺畅，但因无版本控制兜底，若 Codex 执行错误操作（如误删文件、改错内容），可能无法便捷恢复。
Require approval of edits and commands要求 Codex 对所有文件编辑、命令执行操作先向你请求批准，你确认同意后才会执行。这是更谨慎的选择，能避免无版本控制场景下的误操作风险，适合对文件夹内容安全性要求较高的情况。
简单说，选1追求效率，选2侧重安全。
我们用我们用claude同样的指令进行测试
感觉在生信层面的理解没有claude强，claude直接给出了snakemake的脚本
ctrl z可退出codex模式
我们再来测试codex阅读文献，写出文献里面所有分析的脚本能力
阅读pdf之前要先运行你要先执行/approvals赋予codex权限
运行完成后在当前目录下生成分析的脚本，以后大家可以更方便的复现文献啦！
再来测试claude的文献阅读能力
claude比codex是不是更强一点呢？
Gemini 3实操在终端先执nvm use 20再执行gemini即可开启 Gemini CLI
通过阅读文献来画模式图
也可以上传自己的手稿出图（这里可以用其它工具先给出模式图的描述（claude/GPT）+ GEMINI绘图）
把生成好的描述信息直接复制到Gemini里面绘图
太好用了！！！
大家可以进一步在Illustrator里面修改细节
总结特性Claude Sonnet 4.5Gemini 3GPT-5-Codex最长上下文200K tokens1M tokens192K tokens连续工作能力30+小时7-10小时7-10小时推理深度最强(复杂问题解决37.6%)优秀(推理测试91.9%)强(推理测试85.7%)代码可读性最佳良好(干净但注释少)优秀(规范全面)多模态能力良好顶级(图像/视频理解)中等价格效率高(性价比最佳)最高(短任务便宜33%)中等不同生信场景的最佳选择多组学数据分析首选：Claude Sonnet 4.5超长上下文处理能力，轻松应对TB级原始数据数据和复杂分析流程30小时连续工作，无需人工干预完成全流程分析精准的生物信息学工具调用，优化BWA、GATK等传统工具组合效率医学领域生信+图像能力首选：Gemini 3医学领域94%准确率，远超同类模型多模态分析能力，整合基因组、蛋白质结构和临床数据辅助精准治疗决策生物信息学软件开发首选：GPT-5-Codex代码审查和重构能力突出，确保生信工具的稳定性和可维护性与VS Code等IDE无缝集成，提升开发效率严格遵循代码规范，减少4.4%的错误指令，适合团队协作开发数信云服务器已经搭建好这三款工具，欢迎大家来使用！
详细API购买教程下一期会持续更新~