元末，牡丹江下游依兰一带居住着斡朵里、胡里改（火儿阿）、桃温（托温） 三个女真部族，史称“依兰三姓”。其中桃温部后来发展为海西女真，并非建州女真先祖；只有胡里改、斡朵里两部，因受野人女真（兀狄哈）挤压，被迫向南迁徙，成为建州女真的核心来源。

《明实录》《朝鲜王朝实录》对这一部族分流有明确记载，清代官方史书将三部混为一谈，则隐去了桃温部不属于建州女真的史实。

永乐元年（1403年），明成祖朱棣遣使招抚女真各部，胡里改部首领阿哈出率部归附明朝。明朝正式设置建州卫，任命阿哈出为指挥使，赐汉名李显忠。

建州卫最初隶属于辽东都司，奴儿干都司设立后改隶其管辖。永乐五年（1407年），阿哈出之子释加奴承袭建州卫指挥使，效忠明廷，多次入京朝贡。

永乐十年（1412年），明朝将斡朵里部首领猛哥帖木儿所部单独分置建州左卫，任命猛哥帖木儿为指挥使。猛哥帖木儿是努尔哈赤的六世祖，其部族早期依附朝鲜王朝，后正式归附明朝，清代官修史书刻意隐去了他先依附朝鲜的历史经历。

宣德八年（1433年），猛哥帖木儿在与野人女真七姓兀狄哈的作战中被杀，建州左卫陷入部族内乱。猛哥帖木儿死后，其弟凡察、其子董山为争夺建州左卫指挥使印信，爆发了长期权力内斗。

明廷为平息争端，于正统七年（1442年） 分置建州右卫：董山掌管建州左卫、凡察掌管建州右卫、原阿哈出所部为建州卫。至此，建州卫、建州左卫、建州右卫合称“建州三卫”，部族格局正式定型。

建州三卫因部族冲突、朝鲜军事压迫，历经多次迁徙，建州卫先迁至开元凤州（今吉林农安），再迁至婆猪江（浑江） 流域，正统三年（1438年） 最终定居苏子河流域（今辽宁新宾）。

建州左卫随猛哥帖木儿部先迁凤州，后进入朝鲜北部边境，最终迁至婆猪江、苏子河流域。

正统十四年（1449年），建州三卫全部汇聚于苏子河、浑河上游，各部族交错杂居。

成化初年，董山统领建州左卫，联合建州各部侵扰明朝辽东边境。成化三年（1467年），明廷命令明军联合朝鲜军队出兵围剿，史称“成化犁庭”。董山在赴京朝贡归途中，被明廷拘押于广宁（今辽宁北镇）斩杀。

此役建州三卫营寨被焚毁、部众损失惨重，部族势力一蹶不振，清代官方史书将此战称为“国初大难”。

成化之役后，建州三卫逐渐松散分裂，建州卫、建州右卫首领更迭频繁，部族分崩离析，失去统一统领；建州左卫由福满—觉昌安—塔克世（努尔哈赤祖父、父亲）世代承袭指挥使官职，依附明朝辽东总兵。

另外，需要指出，王杲不属于建州右卫，他为苏克素护部首领，并非建州右卫统领。

万历十一年（1583年），觉昌安、塔克世死于古勒城兵乱，努尔哈赤承袭建州左卫都指挥使，以建州左卫为基础，逐步统一建州女真各部。

努尔哈赤统一建州女真后，正式废除建州三卫建制，将原有部众编入八旗牛录。至此，建州三卫作为明朝羁縻卫所的历史正式终结。