后来经荀彧举荐，杜畿得到曹操重用，尤其是他“单车入河东”。面对地方势力架空的胁迫，他以退为进、分化瓦解对手，不动声色地平定了河东叛乱，稳固了曹魏中原战略要地。此后连续十六年，他主政河东，推行宽政教化、劝课农桑、兴学练兵，让战乱后的河东安居乐业、粮草丰足。潼关、汉中之战中，河东持续为大军供给粮草物资，民众争相效力、无人逃亡，成为曹魏坚实的后方根基。
他一生不攀附权贵、恪尽职守，最终因监造御用船只遇风浪殉职。其家族更是人才辈出，孙子杜预成为西晋灭吴的开国功臣。他之所以被《三国演义》遗忘，因演义更加侧重表现战争的权谋与人物的冲突，而杜畿的价值体现在长期内政治理，无精彩戏剧桥段。正如《孙子兵法》所言：“善战者，无智名，无勇功。”这位实干名臣的功绩，也因此被大众长久忽视。
