1957 年夏，彭德怀嘱托寻找邓萍遗骸，由苏振华传达给遵义地委李苏波；依靠他提供的安葬线索，当地寻访找到烈士遗骨，后迁葬凤凰山。

1959年2月，国防部向遵义地委寄来两件与邓萍有关的：一份生平简历，一幅墓名题字。

简历经过彭德怀亲自整理，名字写作“邓平”。随函寄来的手书墓名，写的是“中国工农红军第三军团参谋长邓平同志之墓”。这时，小龙山上的烈士墓已经建好，邓萍的遗骨却还停放在当地一所学校的礼堂里。

一个牺牲二十四年的红军参谋长，直到此时才等到正式迁葬。
1952年秋，遵义地委、行署成立纪念建设筹备委员会，专门安排调查红军牺牲人员的墓址。1953年，当地把战场遗址发现的七十七位红军烈士遗骸陆续迁往小龙山，还将桑木桠的“红军坟”迁来。邓萍的名字和牺牲日期都清楚，地方干部却迟迟找不到他的墓。

几年的走访之后，烈士公墓已经建起，他的遗骨仍无下落。

那座未能找到的旧坟，埋于1935年2月。红军二渡赤水后重新攻打遵义，红三军团夺下新城，老城仍有守军。参谋长邓萍与红十一团政委张爱萍等人到老城外察看敌情，遭子弹击中头部，二十七岁牺牲。

次日，红军攻入老城，还要继续追击敌军。

邓萍被仓促安葬，墓前没有石碑，也没有留下可供日后寻找的墓志。战局继续向前走，送葬的战士也离开了遵义。

此后的二十多年间，山坡上的小土坟无人立碑维护。

彭德怀记得这桩后事的部分安排。1928年平江起义后，邓萍担任红五军参谋长，后来又随彭德怀在红三军团工作，历经苏区战事和长征。邓萍牺牲时，彭德怀正是军团长。他记得当天有人在红三军团驻地街上买了一具黑漆棺材，次日清晨，棺木被抬到遵义城北郊的山坡下葬。至于埋在哪户人家的坟山，他也无法提供。

1957年夏，苏振华把彭德怀希望寻找邓萍遗骸的要求传达给遵义地委书记李苏波。

苏振华曾任红三军团第十二团政治委员，此时已经担任海军政治委员。李苏波将任务交给地方工作人员。两条旧线索成为调查的起点：棺木从哪家买来，城北哪块山坡在当年埋过红军。

负责走访的朱振民，1935年曾在国民党黔军第八师担任参谋长；二十二年后，他是遵义市政协副主席、市民革主委。他从地方干部和居民那里打听旧坟的位置，又带着彭德怀留下的棺木线索，一家一家查访当年的街道住户。

朱振民等人走访七八天，在松子坎一家老榨油坊找到王华轩。
老人记得红军回师遵义时，有阵亡者从干田坝抬到新街罗庄；第二天早晨，一口棺木又从罗庄抬到罗徽五家的坟山。

他带人上山，指着两座大坟之间的一处小坟堆，并提供了买棺木的另一地点：新街颜家。
颜家一位老妇人记得，红军曾来取棺木，她没有收钱。至于棺内死者是谁，她当时并不知道。她还转述家人的见闻：红军撤离后，罗徽五曾挖开那座坟察看，死者穿着黑呢大衣，没有陪葬财物，坟随后被重新埋好。这些信息与王华轩指认的墓地地点相吻合。

遵义地委同意开坟，朱振民请来熟悉邓萍的遵义会议纪念馆馆长孔宪权。
孔宪权早年在红三军团四师司令部担任侦察参谋，也做过十二团作战参谋。打开棺木后，众人看见衣服已大多朽坏，留下铁衣扣、毛衣残片、橡胶鞋底，头骨上还有损伤。这些物件可以与安葬经过对照，却没有任何一件写着邓萍的名字。李苏波要求将棺木盖好，另请老红军石新安赶来。

石新安曾与邓萍共事。
他邀请骨科医生和当年为红军带路的农民蒋致才一起察看，提供邓萍后脑旧疤、牙齿完整、衬衣使用金属袖扣等生前特征。

工作人员将这些信息与遗骨及残存衣物相核对，最终认定墓主是邓萍。这场辨认结束后，医生清理遗骨，重新包裹入棺，暂存在解放军速成中学礼堂。

地方机关决定在邓萍遇难处附近的小龙山修墓，原先迁来的红军烈士遗骸也安葬在那里。1958年，邓萍墓正式动工，墓室用砂石砌成，第二年初才告落成。

1959年清明，棺木从学校礼堂迁往山上。墓名最终采用贵州省委第一书记周林书写的“邓萍同志之墓”，而彭德怀寄来的手书没有刻上墓碑。

金属衣扣、毛衣碎片等遗物后来进入军事博物馆和遵义会议纪念馆保存。

1979年，张爱萍又从北京寄来题字，墓名改为他所写的“邓平同志之墓”。
他曾回忆，邓萍生前“萍”“平”两个字都用过。1935年2月27日，张爱萍就在邓萍身旁，亲历他在遵义城外中弹牺牲；四十多年后，这位老战友的字又刻到了墓前。

1984年，因修建红军烈士纪念碑，邓萍墓迁入新的陵园区域。

2019年，国务院公布第八批全国重点文物保护单位，邓萍墓列入名录，登记地点为遵义市红花岗区。