其实这个问题比较复杂。
事情还得从13世纪说起。
13世纪那会儿，蒙古崛起。蒙古人强盛的时候，蒙古骑兵的马蹄在欧洲出现在维也纳城外，当时法国国王都担心蒙古骑兵会不会打到巴黎城外。在亚非大陆，蒙古骑兵还和埃及骑兵交锋过。如此庞大的势力范围，堪称前无古人。
蒙古人在中原的统治在14世纪被推翻。所以很多华夏人对蒙古人的统治印象停留在14世纪以后，就没蒙古人啥事儿了。但其实并不是。
单就东亚来说，明朝那会儿，蒙古人控制新疆大部分地区（明朝只是对新疆东部很小的区域有影响力），长城以北也是蒙古人的地盘。
到了明朝后期，蒙古人大致分成三个部分：漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古。
所以漠，指的是蒙古大漠。漠南蒙古对应的就是现在的内蒙古；漠北蒙古对应的就是现在的外蒙古。而漠西蒙古其实指的是天山以北的新疆。
后来清朝时期，清朝对漠西蒙古用兵，漠西蒙古最强势的准噶尔部被消灭。虽然现在的土尔扈特蒙古也属于漠西蒙古的一部分。但是因为蒙古族的基数在新疆不是太大，所以自然也就没人提漠西蒙古这个地理词汇了。
同时，清朝时期，对漠南蒙古的管理比较严格，对漠北蒙古的管理相对松散。所以漠南蒙古被叫做内蒙古，而漠北蒙古被叫做外蒙古。