1457年正月，北京城刚换了年号，于谦就被押赴刑场。杀他的理由写在案卷上：谋逆。
《明史》把这件事记得很冷。《于谦传》说，石亨、曹吉祥、徐有贞等人迎英宗复位后，立即逮捕于谦与大学士王文，诬以“更立东宫”等罪名，又坐以谋逆，处以极刑。王文不服，争辩很急；于谦笑了一句：“亨等意耳，辩何益？”意思很明白：他们早就决意要杀我，辩有什么用。
真正决定命运的，是两句话。明英宗起初还犹豫，说“于谦实有功”。徐有贞回了一句：“不杀于谦，此举为无名。”意思是，不把他杀掉，这场夺门复辟就师出无名。史书接着写：“帝意遂决。”一笔带过，人头落地。
于谦死后的记载，是《明史》里少见的动情文字。“死之日，阴霾四合，天下冤之。”抄家时，家里没有多余财产，只有正屋锁得极严；打开一看，是景帝赐给他的蟒衣与剑器——他一件也没拿去换钱。

替他收尸的，是都督同知陈逵；把灵柩运回杭州安葬，是第二年的事。有个叫朵儿的指挥，本是曹吉祥部下，却在于谦死处洒酒祭奠，被曹吉祥鞭打，第二天照旧去。皇太后后来才知道他已死，连日叹息；英宗也后悔了。
几年后，代他做兵部尚书的陈汝言贪赃巨万，英宗召大臣去看，说于谦在景泰朝被重用，死后家里没有余财，陈汝言怎么这么多？石亨低头答不上来。又有边警，恭顺侯吴瑾在旁说了句：“使于谦在，当不令寇至此。”英宗沉默不语。
平反来得比人慢。成化初年，于谦之子于冕获赦回乡，上疏讼冤，父亲得以复官赐祭；诰文里那句“在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠”，被天下传诵。弘治二年赐谥“肃愍”，万历年间改谥“忠肃”。杭州、河南、山西，此后世代祭祀不绝。今天杭州西湖边的于谦祠，就是这段身后哀荣的落点。