利玛窦入乡随俗，为适应北京本地习俗，在生活习惯上做了不少自我调整，包括穿中国式衣服，留胡须和头发，睡木板床，吃大米。(42) 但他也有看不惯甚或厌恶的习俗，如炼金术和"企图延年益寿长生不死"，利氏称之为"中国人两种非常愚蠢的作法"，他注意到这种恶习空前流行，"在我们现在居住的北京城里，在大臣、宦官以及其他地位高的人当中，几乎没有什么人是不沉溺于这种愚蠢的研究的"。(43) 在给罗马方面的书信中，利玛窦甚至批评当朝的神宗："这位万历皇帝久久不立太子，不接见他的儿子，也不和任何人谈论立太子的事，整日住在宫中……我真不知道我们中有谁能了解中国的这种治理之道？"