1949年12月10日，蒋介石逃离成都飞往台湾，临走前通知了很多人，唯独刻意避开了孙科。这不是一时疏忽，而是两人近三十年恩怨的终极结算。
 
翻遍蒋介石日记，被他骂得最狠的三个人是孙科、孔祥熙、宋子文。对后两个连襟小舅子，他骂归骂，最终还是带去了台湾。唯独对孙科，他连骂都带着极致的厌恶——“孙科之性行卑劣贪婪，寡廉鲜耻，令人痛心疾首。以总理如此伟大之人格，而生有如此不肖之子，殊所不解。”
 
这对冤家这辈子积的怨，从关系搭建那天就是一座随时会倒的危房。一个是国民党的当权人物，信奉绝对的权力掌控；一个是孙中山唯一的儿子，一身留洋的习气，笃信分权制衡、宪政民主。老蒋要用孙科“国父之子”的招牌来稳定人心，却只肯给他高位虚权的空壳子，不给兵权不给财权；孙科偏偏不是橡皮图章，不肯老老实实当个摆设。
 
1931年蒋介石软禁胡汉民，孙科立刻联合汪精卫在广州另立国民政府，公开反蒋。1948年副总统选举，老蒋本想用孙科去牵制李宗仁，结果孙科自作主张，最后输得让蒋介石觉得他扶不上台面。
 
到了1949年，矛盾发展到了最尖锐的时刻。蒋介石在东北、华北节节败退，阵脚未稳之际，他任命孙科为行政院长，本想让他顶住局面。孙科一上台却向幕僚交底：蒋不辞职，行政院什么也做不了。
 
1949年1月，桂系李宗仁白崇禧通电逼宫，孙科不但不替蒋介石挡刀，反而公开附和李宗仁，直言“内战之祸全由蒋起”，要求蒋介石下野。更致命的是，蒋介石下野回奉化后，孙科立刻把行政院整个班子南迁广州。
 
一来他看不惯李宗仁上台，不愿跟桂系合作；二来更重要的是，他想借这个机会彻底摆脱蒋介石的控制。这是孙科最隐秘的算盘：蒋介石辞了、李宗仁不行，剩下能扛大局的，只有他这个国父之子，他要另起炉灶、另立山头。
 
蒋介石下野期间，孙科甚至以行政院长的身份，通过傅秉常向美国驻华参赞试探支持的可能性，企图绕过一切现有权力结构，直接获取美援。他是想彻底把蒋介石晾在溪口，断绝他的后路。
 
也正是这个动作，让蒋介石彻底对他关上了大门。在李宗仁和孙科剑拔弩张的时候，孙科秘密派人去奉化疏通。来使问蒋介石：“您能不能请经国同志去趟广州，做和事佬？”蒋介石把脸一沉，连回旋的余地都没给：“我过去不介入他们的争斗，现在也不便出面。经国无法做和事佬。”他冷眼旁观孙科被桂系一步步倒阁逼走。
 
几年之后，从前的深仇大恨以一种决然的方式划上了句号。蒋介石的名单上勾掉了孙科的名字，不通知、不带人、不留任何余地。
 
蒋介石飞往台湾，从此再未回头。孙科遗落在香港，最终辗转美国。三十年的恩怨，就此画上句号。