你说的“连长年轻资历浅，部署训练计划官兵不执行；指导员任职多年，（有主官的情况下）插手连队军事训练工作”这种情况在基层连队极少见。
先不说连长导员各有职责分工，单说如果两个主官闹别扭，两败俱伤，最后谁也晋升上不去。所以说，军事上连长说了算，政治方面指导员说了算，不越界就是配合到位，一荣俱荣。