航母打击群的指挥系统基于网络中心战体系，像美国林肯号航母打击群就是典型。其指挥靠预警机、数据链和指挥舰配合。 E - 2D“先进鹰眼”预警机是空中网络中心，有AN/APY - 9有源相控阵雷达和Link16数据链，能融合各方信息，生成战场全景图，还能合理分配任务，如指挥F - 35拦截目标。 水面上，“提康德罗加”级导弹巡洋舰常是防空作战指挥舰，有“宙斯盾”系统，防空能力强。防御分三层，外防区185 - 400公里或更远，由预警机和舰载战斗机负责；中防区90 - 185公里。整个指挥系统让打击群如一个有机整体，作战力强大。