在制定逼迫日本投降的最后计划时，尼米兹得知了原子弹的存在。7月15日，他观看了世上第一枚原子弹试爆的影片，认为其并非适当的作战武器，希望美军不须使用它。尼米兹深信可以海军封锁日本而迫使其投降，也不赞成美军进攻日本本土的行动。 战后，尼米兹接替金恩担任海军作战部长。当时，卡尔·邓尼兹接受纽伦堡审判，起诉其发动无限制潜艇战的罪名，尼米兹应德国律师之要求，提供了一份美军亦在对日战争中使用同样作法的证词。最后虽然判定邓尼兹该罪名成立，但并未因该罪名而受罚。