1944年陈诚接任了何应钦的军政部长，许多人不服气，认为陈诚的资格浅，不孚众望，应由顾祝同来接任。（原来军政部长一职要换人已酝酿了一年多，蒋介石先想在张治中、顾祝同两人中选一来充任，后来张、顾两人都落了空，发表陈诚为军政部长。) 当时在三战区也有许多人替顾祝同抱不平。而顾对此事很坦然，对一二期同学说话时，总是说“我早已向蒋委员长表示过，军政部长只有陈辞修能干。” 顾知道在蒋介石下面不能有自己的小组织，所以他一生既不抓部队，也不成立小派系。他不时对部下训示说：“我们是军人，不必要参加复兴社，不要把自己搞复杂了，只要一心一意学打仗。” 抗战时期，邓文仪建议顾祝同仿陈诚组织干城社的作法，由顾领导组织一个什么团体与陈诚对抗。但顾对邓说：“陈诚搞小组织我很不同意，何部长（何应钦）也不同意，但是委员长很支持。不过我们自己不能搞，搞了委员长一定不答应的，我一生的态度是委员长要我干一天就干一天，不要我干就不干。你们千万不要有这样糊塗的想法。你们如果这样搞，就不是爱我反而害我了。” 1945年8月，抗战胜利后，接收京沪的部队都是由大后方空运去的，汤恩伯、王耀武、张发奎等都大发其接收财。三战区的部队近在咫尺，竟不能越雷池一步，眼看着人家发財。一些军师长都很气愤，纷纷向顾发牢骚，顾毫不为所动，反而训示他们要好好约束下面，不许发气乱说。 1946年1月，第三战区撤销，顾祝同调任徐州绥靖公署主任。5月，国民政府还都南京，撤销军事委员会，成立国防部。顾祝同升任国防部首任陆军总司令。 6月，全面内战，顾祝同兼任郑州绥靖公署主任，负责指挥中原作战。