第1-4地对舰导弹联队部署于北海道和本州岛北部，主要控制津轻海峡、宗谷海峡等北方要冲。全是老式的88式岸舰导弹。
第5、8、7地对舰导弹联队部署于九州和冲绳，控制对马海峡、大隅海峡、冲绳宫古海峡等由黄海、东海进出西太平洋的要隘。主要装备更为先进的12式岸舰导弹。
日本地对舰导弹联队（岸舰导弹团），下辖4个中队（连），人数在500人左右，装备有100枚反舰导弹。7个地对舰导弹联队共装备有700枚反舰导弹。
一，88式岸舰导弹
弹长5米，直径0.35米，最大速度0.9马赫，有效射程150公里。总重量660公斤，战斗部为半穿甲爆破型，重量230公斤。采用火箭助推加三菱TJM3涡喷发动机改进型推进。
一，12式岸舰导弹
于2012年列装，2015年开始部署。导弹全长6米，弹径350毫米，弹重大于700千克，亚音速飞行（0.9马赫），最大射程200千米。主要改进在于增加了GPS导航和数据链。
三，新型多用途巡航导弹，“改进型12式岸舰导弹”
2024年7月公开了该导弹照片。实为多用途巡航导弹，已经与12式岸舰导弹没有一点关系。早期型号射程900千米，未来目标是1500千米。将于2025年将部署第8地对舰导弹联队
四，中程弹道导弹、“岛屿防御用高速滑空弹”，“极高音速导弹”
日本“岛屿防御用高速滑空弹”和“极高音速导弹”，实际上是两型中程弹道导弹。
前者导弹长约7米，助推器直径0.5米，导弹由固体燃料火箭助推器（第一级）和可分离滑翔弹头（HGV）组成。早期Block.1型射程推测在900公里。预计2026年开始部署。
Block.2型预计在2031年完成研制，采用承波体滑翔弹头，速度可达高超音速，并且未来将配备导引头以打击移动目标(例如航母)，射程可达2000公里以上。
这两种中程弹道导弹，和新型多用途巡航导弹的舰载型垂直发射系统和潜艇垂直发射系统也在同步研制，垂发系统估计会通用。计划装备在日本驱逐舰和大鲸级潜艇上。预计在2028年完成。
日本近年国外购买舰载“战斧”巡航导弹，空射JASSM-ER巡航导弹和JSM联合打击导弹。
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