康熙年间，准噶尔汗国首领噶尔丹率军南下，与清军在乌尔会河首次大规模冲突中取胜。清军统帅阿尔弥轻敌，三度进攻均告失败，损失惨重。康熙为平定准噶尔，三次御驾亲征，最终在乌兰布通战役中以火炮优势击败噶尔丹，迫使其流窜。尽管噶尔丹身亡，但准噶尔汗国余部仍存隐患，清廷财政因长期战争陷入困境，展现了康熙帝对蒙古地区的重视及与准噶尔的复杂斗争。
康熙29年，准噶尔汗国的首领噶尔丹兴兵2万抵达乌尔汇河，大量的喀尔喀人南逃，向清朝寻求帮助。康熙皇帝感觉到了一种前所未有的紧迫感，决定派兵平定准噶尔。九月，战争在乌尔会河爆发，史称乌尔会河之战。这是大清跟准噶尔的第一次正面交锋，双方一共投入4万兵力，经过大半天激战之后，准噶尔军首战告捷。
对于这场战役的记录，清军的描写非常的模糊。当时统兵的理藩院尚书阿尔尼向朝廷汇报的时候，特意使用了先却、易退、遂敛兵归等字眼来掩盖和淡化清军的失败，对清军伤亡人数只字未提，只说准噶尔有2万大军，但他们的鸟枪火力太猛，根本打不过，就撤退了。一看语焉不详，就是讳败。
乌尔会河之战
虽然清廷对乌尔会河之战的记录寥寥无几，但这场战斗被俄国人记录下来，为什么呢？康熙30年3月，嘎尔丹的使者来到俄罗斯伊尔库茨克，在跟一位俄国将军的交谈当中，提到了战役的情况，说天还没亮，大清的两个统帅对个噶尔丹和他的主帐就发动了军事进攻。据抓来的清军说，两位统帅共有军队2万人，全部轻装，没带大炮，只备有弓和矛。所以噶尔丹略微整顿了武器装备之后，就率兵跟清军作战。从黎明打到午后，噶尔丹大杀清朝军队，最后缴获了五百多辆大车和全部辎重。另外在俄国出使准噶尔的使者给俄国朝廷汇报的报告里也写了，说噶尔丹把清兵杀的一个不剩，虽然有所夸大，但从侧面透露一个信息，就是这一战噶尔丹赢了。
嘎尔丹为什么能把大清军队打的是连连败退？首先交战之前，噶尔丹摸清了对手的情况，从被俘清军口中得知，此番来的兵力2万人全部轻装。噶尔丹自己手里也有2万人，而且火力强大，在综合实力之上占尽了优势。尽管如此，噶尔丹并没有掉以轻心，而是将部分军队分布在高地上，分两翼张开弓形阵，形成了一个缺口，准备诱敌深入，三面还击，一举歼敌。
清军并没有意识到敌暗我明的情况，清军主将阿尔尼心中有自己的盘算，打算先派少量军队攻击准噶尔军的辎重，如此一来，敌人便会阵脚大乱，之后再统领大军趁机而入，便可一网打尽。于是，派700士兵为先锋，发起了第一次攻击，结果没有达成目的，还打草惊蛇了。嘎尔丹一眼就识破了阿尔尼的计划，就没有下令还击和追击，让其他人继续隐藏，按兵不动。但阿尔尼一看第一次进攻没成功，也不顾准嘎尔有没有伏兵，想趁热打铁组织发动第二次进攻。阿尔尼想当然的认为准噶尔军势单力薄，第一次进攻失败是因为派的人少，只派了700个人。如果这一次多派一些人，就一定可以利用人数优势碾压敌军。阿尔尼还认为清军全部轻装，即进即退，即便是发动进攻受到了挫败，也能迅速撤退保存实力。所以阿尔尼就迷之自信的发动了第二次进攻。
事实证明，阿尔尼着实小瞧了准噶尔军，清军再次被打退，但阿尔尼仍没有死心，又发动了第三次进攻。而准噶尔军还是利用弓行阵的优势，从三面以鸟枪队的火力猛烈还击，清军招架不住，纷纷撤退。令阿尔尼无论如何没有想到的是，嘎尔丹的战术其实非常周密。就在清军撤离之际，嘎尔丹命令埋伏在阵地中的军队迅速绕出加攻。清军彻底遭到了致命打击，溃败而逃。
客观来说，阿尔尼的军队只是清军当中缺乏战斗力的非主力部队。在这种情况之下，清廷迟迟没有制定统一具体的作战方案，只能导致先遣部队各行其事，不能发挥它应有的作用，自然不是噶尔丹亲自指挥的准噶尔精兵的对手。清军的失败并不能代表大清真正的实力，噶尔丹也认识到了这一点，在乌尔会河一战之后，噶尔丹就主动给康熙写信，意思说“其实我没有和您打仗的意思，我就是来打喀尔喀的”，康熙皇帝也回信说“理解，要不这样，之前的事就算了，现在由我来当一个和事佬，召集所有蒙古人，开个大会，到时候邀请各部首领都来参加，有什么矛盾，就在大会上讨论解决。你觉得咋样？”，噶尔丹说行，那我就等您信了。
康熙皇帝
康熙皇帝真的是如他所说，要调节蒙古各部的矛盾吗？当然不是!康熙皇帝多精，这只是缓兵之计，目的就是不让噶尔丹撤退。所以噶尔丹等来的并不是康熙皇帝所说的蒙古各部议和大会，而是倾巢而出的清军主力。
这一次康熙皇帝御驾亲征，想当年三藩之乱震动半个中国，康熙皇帝都没有御驾亲征，小小嘎尔丹皇上就御驾亲征，可见他对蒙古地区的重视，对于蒙古人的担心。康熙皇帝亲自率军进驻博洛和屯，就是今天内蒙古的正蓝旗这些地方。
《康熙王朝》中的御驾亲征
在清军逼迫之下，准嘎尔整军前往乌兰布通（今内蒙古境内萨岭河附近），由于地势的原因，噶尔丹只能把营地扎在山坡上，这样军队东西两翼没有了遮挡物，噶尔丹命令手下把一万多头随军的骆驼绑上脚，趴在地上，背上箱笼，蒙以湿毡，抵挡火枪火炮，形成了一座驼城。
康熙29年八月初一，清军到达乌兰布通，对准噶尔军就发起了猛攻，以火骑兵为前列，集中火炮轰击准喀尔军的驼城，随后派步兵正面冲杀，接着再由骑兵左右迂回夹击。如此一来，大破准噶尔军，噶尔丹第一次向东方进军的计划，最后以惨败收场，只好仓皇逃回了科布多。
回到大本营的嘎尔丹并不甘心就这么败在清朝手下，暗地里召集旧部，联系沙俄图谋再举。但常年征战，使部落消耗非常大，准噶尔部开始闹饥荒了，老百姓民不聊生，苦不堪言，并不是发动战争的这个好时机。噶尔丹权衡一番利弊，只好先厚着脸皮派使者去跟清朝认错。康熙一看准嘎尔派了使者来，态度还挺诚恳，就写了封信给嘎尔丹，以后只要不再碰喀尔喀一人一畜，过去的事儿就过去了，并且再次强调了大清公正无私，主持正义，拥护和平的立场。其实无论是准嘎尔还是大清，都没怎么把对方的说辞当真。都在加紧备战。
清廷准备在多伦淖尔（今天内蒙古多伦县），召开蒙古大会。这次召开大会的主要目的并不是为了调和蒙古各部的矛盾，而是宣布喀尔喀正式成为清帝国的组成部分。原来只是藩属，每年进贡八匹白马，一匹白骆驼，所谓九白之贡。现在正式是大清的领土了。康熙30年5月1号大会如期举行，喀尔喀蒙古就这样正式纳入大清版图。
喀尔喀回归后的大清疆域
三年之后，康熙33年（公元1693年），清廷召噶尔丹前来会盟，结果噶尔丹抗命不至，反而遣兵侵入了喀尔喀，向东一路掠夺到了克鲁伦河流域的车臣汗部，沿河而下进驻巴彦乌兰（今天蒙古国首都乌兰巴托东南的地区）。
康熙皇帝得到消息之后，立马就坐不住了，喀尔喀蒙古以前不是大清的地盘也就罢了，现在已是大清疆土，还敢造次。康熙心中非常清楚，准嘎尔比任何叛乱者都恐怖，一旦出现能号令整个蒙古各部的大汗，那必然将是大清帝国的掘墓人，那跟祖先完颜们一个下场，历来对中原王朝构成严重威胁的势力都是来自蒙古高原，绝不能让这种事出现。所以不管当时行军环境多么艰苦，康熙皇帝坚持再次御驾亲征。
大清此番征讨准嘎尔兵分三路，东路由沙俄克星、雅克萨之战名将、黑龙江将军萨布素负责，率领数千人驻守蒙古东部，防止嘎尔丹部东窜。西路由抚远大将军、顺治皇帝的小舅子、康熙皇帝的舅舅费扬古统帅，是主力，兵力最多46000人，中路康熙皇帝亲自率领兵力是33000人，不管是兵力还是装备都比第一次征讨的时候强太多了。康熙不仅调集了大量的兵马，而且征调了大批熟悉情况的蒙古人为向导，按照每名士兵配备一名民夫、四匹马的标准，组成了庞大的运输队，带了五个月的口粮，光运粮的大车就有6000辆。另外配有各种口径的火炮、工兵器材，甚至筹备了大批的木材和树枝，以备在越过沙漠和沼泽的时候铺路。行军路上绝大部分的省份都被动员了起来，设立驿站和军需粮仓，以保证军队能够拥有充足的弹药和马匹的补给。
昭莫多之战
不久之后，康熙皇帝的前线指挥部得到了一个惊人的消息，说准噶尔也不是吃素的，沙俄派了6万火枪兵准备增援准嘎尔，立马就引起了大家的恐慌。大臣们纷纷劝谏皇上起驾回宫，太危险了，咱干不过。康熙皇帝一听，龙颜大怒，此番远征，势在必行，再有敢言退者，定斩不赦。皇帝的坚持大大鼓舞着军队上下的士气，全军急速向克鲁伦河和土拉河上游推进。而噶尔丹的军队，也在巴彦乌兰（今蒙古国巴彦乌兰苏木）扎了营。
千钧一发之际，西路军统帅费扬谷发来了报告，说军队不能按时抵达目的地，山高路远行军慢，得推迟几天，这么一来，西边就有缺口了，包围嘎尔丹的计划就有了失败的危险。康熙皇帝再次忽悠写信给嘎尔丹，意思就是不是真心想打仗，带着大军来，其实就是为了和谈的。真逗，就跟把孩子生在国外，就是为了让他记住他是个中国人一样。没想到嘎尔丹还真信了，这个决策让他错失战机。
几天之后，抚远大将军费扬古的先头部队到达了战场，彻底切断了嘎尔丹向西退去的路线。那康熙皇帝也不和谈了，开打，准嘎尔军队只能困兽游斗，跟清军苦战。
康熙35年5月，在昭莫多地区（今蒙古国首都乌兰巴托南郊），费扬古遇到了准噶尔的主力部队。这场战斗清军无论从人数上和军事技术上，都以压倒性的优势主导了战场。对准嘎尔军形成了科技碾压的武器，就是南怀仁制造的火炮。这一仗清军斩首两千余计，生擒一百余人，最后噶尔丹只带了几十名骑兵逃离战场。几天之后，康熙皇帝率领主力部队踏上归途，得胜返京，同时给青海湖附近漠西蒙古各部首领写信。告知他们，谁要是看见噶尔丹，把他擒住，送北京。如果敢包庇他，以后永以贼论，大清都对你们动手。由于嘎尔丹原来的根据地被他的侄策妄阿拉布坦占了，沿途首领又没有人敢接应他，战败后的嘎尔丹就只好流窜到了叫阿察阿穆塔台的地方。
经过两次大战，噶尔丹集团已经土崩瓦解，成不了什么气候，所以康熙皇帝要求噶尔丹投降。但噶尔丹负隅顽抗。于是康熙36年，皇帝再次带兵亲征。此时噶尔兰已经是穷困以极，不光没有粮草，连帐篷都没有，狼狈不堪，只能挖草根吃，跟土拨鼠一个水平。到了八月初，胡天八月即飞雪，八月积雪就已经很深了，草根都挖不着了。到了年底，清军粮食也不足，只能分兵出击。康熙皇帝又致函噶尔丹，最后一次要求他投降，但是这封信送到的时候，52岁的噶尔丹已经死了。
阿察阿穆塔台荒凉戈壁
大清经过和准噶尔汗国数次交战，在军事层面上以绝对胜利收场。但几十万大军在沙漠戈壁中来来回回，后勤补给所消耗的巨额银两，导致帝国财政濒临崩溃。况且并不是说噶尔丹一死，准噶尔汗国就消失了，西部准噶尔仍然由策妄阿拉布坦统治，隐患重重。
康熙皇帝的所作所为不仅仅体现在武功上，更重要的是文治。