1.没有选择好的菌种。硝化细菌经过培养、转卖、使用等环节，菌种会变异，产品效果会变差。
2.没有注意水的酸碱度。硝化细菌工作的最适pH为8.0-8.4，如果pH过高或过低，效果都不好。
3.没有注意溶氧。硝化细菌工作需要消耗氧气，要保证溶氧在2mg/L以上。如果溶氧不足，硝化细菌会休眠甚至死亡。
4.使用了杀菌药物。使用硝化细菌期间杀菌药物会杀死有益菌群，导致效果差。
5.没有注意附着性。硝化细菌必须在附着物表面，才能很好地工作，因此池塘需要有一定的土壤、岩石或砂砾才会起效果。
6.没有注意繁殖慢。硝化细菌生长和繁殖极慢，需要10-20小时才繁殖一代。在食物缺乏和恶劣环境下，硝化细菌可休眠长达两年之久。
