在水产养殖中温度对于水体中的藻类有着重要的作用。温度的不同对于不同藻类的繁殖生长也不同，同时温度的剧烈变化，直接会导致藻相的变化，甚至引起倒藻或者转水。 冬季和年初时气温低水难肥，水体光线不足，水体温度低会造成大部分藻类生长困难，由于大多数藻类属于中温类型。所以在低温时会影响其活性，也会影响其对水体中的营养物质的吸收。 高温时，光照充足，温度高，藻类活性高，温度每升高十度，藻类活性增加1.5倍。同时不同的藻类由于水体中分布不同，其繁殖生长也不同。蓝藻，裸藻，甲藻属于上层藻类，硅藻一般生存在中下层藻类。 在短时间内温度的剧烈变化，对水体影响巨大，严重会引起倒藻，尤其是季节交替时变化最大。早晚温差较大，很容易造成水体应激，从而导致藻类变化。所以保持水体肥度，对于水体温度的保持有良好作用。