汕潮揭都市圈一体化面临着不少挑战。从产业方面看，三市产业存在一定程度的同质化，像纺织服装、化工塑料等产业在各地都有布局，容易引发内部竞争，难以形成协同互补的产业格局。
交通上，虽然有一定基础，但互联互通还不够完善。比如部分道路衔接不畅，跨市公共交通不够便捷，影响了人员和物资的高效流动。
在政策协调上，三市行政壁垒仍存在，政策标准不统一，在招商引资、项目审批等方面缺乏协同机制，阻碍了资源的优化配置。此外，文化虽同根同源，但在融合过程中也需要进一步挖掘和整合，以形成更强大的都市圈文化凝聚力。