19世纪中时，福建水师木船仅有百余艘，官兵减员，几乎停止海上训练、巡哨。洋务派决意借用外国的技术来发展中国的近代海军。

同治五年六月（1866年7月），清廷批准闽浙总督左宗棠兴建船政的奏议，在闽择地设厂，设立“总理船政事务衙门”，并在船政局内设立船政学堂。福州船政局至同治九年（1870年）先后建造“万年清”、“湄云”、“福星”3 艘兵轮，给濒于衰败的水师带来了生机，9月18日清廷下谕正式成立新水师。福建凭借船政局建造的兵船数量增长和船政学堂陆续培养的新型海军军官的相继毕业，在中国最早建立了近代海军。到同治十一年（1872年）福建船政先后建造“万年清”、“伏波”等15艘舰船投入服役，其中“伏波”、“安澜”、“飞云”、“镇海”、“湄云”分别由浙江、广东、山东、直隶、奉天1省拨用。

同治十二年（1874年）日本侵台事件发生后，以钦差大臣身份办理台湾海防的沈葆桢又陆续将部分在外兵船收回（除“镇海”、“湄云”、“海镜”3艘仍归直隶、奉天及招商局遣用外），福建水师共拥有12艘兵船。同治十二年五月（1874年6月），参照欧洲舰船编制，按大、中、小型兵轮配备官兵员额；大型兵轮180名，中型兵轮98名，小型兵轮67名。光绪元年（1875年）清廷决定筹建南北两洋水师时，福建的水师建设并未按计划纳入南洋系列，而是在原来的基础上继续独立发展。不过，福州船政兵船仍经常被外省拨用，加之福州船政经费支绌，以后的造船速度已大为放慢，因此福建的水师实力并没有得到明显的加强。

到光绪十年月（1884年6月），福州船政兵船留防本省者8艘、分防各省者14艘。经会办福建海疆大位张佩纶上类要求将福州船政所造兵船分防各省者陆续调回，但是，除了广东将拨用的“飞云”号调回福建外，其余各省均未执行。到中法海战前夕，福建其有“扬武”、“琛航”、“永保”、“伏波”、“济安”、“飞云”、“振威”、“福星”、“艺新”等9艘福州船政制造的兵船，另有“福胜”、“建胜”两艘购自英国的炮艇，计11艘，排水量9000多吨，舰员1100多人，驻福州、厦门，守卫海口，巡守台湾及琼廉海面。

光绪十年七月初三（1874年8月23日）中法马江一战，福建水师轮船几乎全军覆没，从此一蹶不振。至辛亥革命前夕，福建仅有运输舰3艘、巡缉兵船3艘，总吨位3875吨。

历任福建水师统带（提督）：

李成谋，湖南芷江人，同治九年八月（1870年9月）任，同治九年月（1871年1月）调长江水师统领（提督）。

罗大春，贵州施秉人，同治十二年一月（1873年2月）任，后因政治靠山左宗棠病逝于福州，去职。

张成，光绪十年（1884年）任，光绪十年七月初三（1884年8月23日）中法在马江爆发海战，因福建水师惨败而被撤职查办。

杨岐珍，回族，安徽寿州人，光绪十八年七月初二（1892年8月23日）任，光绪二十年七月（1894年8月）调派赴台湾，光绪二十一年六月（1895年7月）复任，光绪二十九年十一月二十九日（1904年1月16日）卒。

黄少春，时任福建陆路提督，光绪二十一年五月（1895年6月）兼管。

曹志忠，湖南湘乡人，光绪二十九年十一月（1904年12月）任，光绪三十年七月初二（1904年8月12日）裁撒。

总教练官：

德勒塞，法国人，同治十一年五月（1872年6月）聘。

闽台水师总统（光绪五年五月十七日设）：

李成谋，湖南芷江人，光绪五年五月七日（1879年7月6日）复任（未就），光绪十年（1884年）前复任，光绪十年七月初八（1884年8月28日）革职。

彭楚汉，湖南湘乡人 ，光绪五年六月二十六日（1879年8月13日）任。

陈湜，湖南湘乡人，湘军宿将。光绪十六年七月初二（1890年8月17日）任。

郭宝昌，安徽凤阳人，光绪十七年（1891年）任。

蔡国祥，光绪三十年（1904年）前任。

下辖兵船：

“湄云”木壳兵船，福州船政局制造，同治八年十一月初四下水，同治十一年十月（1872年11月）拨归浙江水师，后又拨驻防奉天。

“福星”木壳兵船，福州船政局制造，同治九年五月初一下水，制成，光绪十年七月初三马江海战中被水雷击中沉没。

“伏波”木壳兵船，福州船政局制造，同治十年下水，后改为练船，曾一度拨归浙江，光绪十年七月初中法马江海战中驶往上游搁浅而幸存。1913年11月改名“睛波”。

“安澜”木壳兵船，福州船政局制造，同治十年五月初一下水，同治十一年三月调驻广东，归广东水师辖。

“镇海”木壳兵船，福州船政局制造，同治十年十月十六日下水，后归北洋水师辖。

“扬武”木壳兵船，福州船政局制造，同治十一年三月十六日下水，为中国近代第一艘轻型巡洋舰，光绪二年（1876年）改练船，光绪十年七月初三被法军水雷击中沉，后为榴弹焚毁于马江。

“飞云”木壳兵船，福州船政局制造，同治十一年五月二十八日下水，曾一度拨归山东，光绪十年七月初三中法马江海战中中弹着火沉没，后又被打捞重修。1913年11月称“庆云”。

“靖远”木壳兵船，福州船政局制造，同治十一年七月十八日下水，光绪四年底调驻江苏，归南洋水师辖。

“振威”木壳兵船，福州船政局制造，同治十一年十一月十一日下水，光绪十年七月初三被法军击中着火沉没于马江，全船官兵殉国。

“济安”木壳兵船，福州船政局制造，同治十二年正月初四下水，光绪十年七月初三被法军击中着火沉没于马江。

“永保”木壳运输船，福州船政局制造，同治十二年七月十八日下水，光绪十年七月初三被法军击中，沉于马江。

“海镜”木壳运输船，福州船政局制造，同治十二年十月十九日下水，曾一度归北洋水师，后被招商局租领。

“琛航”木壳运输船，福州船政局制造，同治十二年十一月下水，光绪十年七月初三被法军击中着火沉没于马江。

“艺新”木壳兵船，福州船政局制造，同治十年三月初二下水。

“威远”铁胁兵船，福州船政局制造，光绪三年四月初三下水，后拨归北洋水师。

“超武”铁胁兵船，福州船政局制造，光绪四年五月十九日制成，后归南洋水师。

“海东云”兵船，同治八年自洋商购得，原名“五云车”。

“建威”练船，同治九年十一月二十七日购买德国来闽商船“马得多”改成练船。

“长胜”炮艇，同治四年购回。

“建胜”炮艇，光绪二年向英国购回。

“福胜”炮艇，光绪二年自英国购回，光绪十年七月初三马江海战被法舰击沉。

“靖海”兵船

“澄清”

“元凯”，1896年12月30日收为练船。

“福靖”钢胁钢壳鱼雷快船，福州船政局制造，原名“广丁”，光绪十八年十二月下水，后拨归北洋，光绪二十四年七月在旅顺口外沉没。

“万年清”木壳商船，福州船政局制造，同治八年五月初一下水。

“华福宝”轮船，同治五年八月购自香港。