新生儿低体温的主要原因包括以下几个方面：

1. 新生儿体温调节特征不成熟：新生儿尤其是早产儿缺乏成熟的体温调节机制，无法像成人那样通过寒战反应有效产生热量。他们主要依赖棕色脂肪的非颤抖性产热，但这种代偿能力有限，且早产儿和低出生体重儿的棕色脂肪储存量较少，容易在寒冷环境中出现低体温。

2. 受寒冷影响：新生儿体表面积相对较大，散热较快，特别是在冬春季环境温度降低时，如果没有采取有效的保暖措施，新生儿很容易因散热大于产热而导致低体温。

3. 摄食不足：新生儿肝脏储存的糖原有限，若摄入热量不足，尤其在出生后18～24小时内未能及时获得足够的营养补充，产热减少，当环境温度降低时易发生低体温。

4. 早产儿和低出生体重儿的特殊脆弱性：这类新生儿的能量储备少，摄入热量少，体温调节能力较差。胎龄越小，出生体重越低，发生低体温的风险越大。

5. 疾病影响：新生儿患有败血症、肺炎、化脓性脑膜炎、窒息、缺氧缺血性脑病、颅内出血、先天性畸形等感染性疾病时，可能导致进食减少、热量摄入不足。同时，疾病状态下的休克、酸中毒、微循环障碍可能影响棕色脂肪的分解，进一步减少体内产热。在环境温度偏低且保暖不够的情况下，这类新生儿极易发生低体温。

综上所述，新生儿低体温的主要原因包括生理性的体温调节机制不成熟、外部环境寒冷、营养摄取不足、早产或低出生体重带来的额外风险，以及各种疾病的直接或间接影响。预防和管理新生儿低体温需要综合考虑这些因素，采取相应的保温措施、早期合理喂养、加强疾病监测与治疗等策略。